Pesquisadores da Universidade Estadual Paulista (Unesp) e da Universidade do Chile realizaram estudo para avaliar a precisão da imputação de genótipos de diferentes densidades de SNP como uma estratégia econômica para programas de melhoramento genético do pacu (Piaractus mesopotamicus). Publicado na revista Aquaculture Reports, o estudo destaca a importância da seleção genômica na produção do pacu, espécie nativa de interesse na aquicultura.
Sobre o experimento
A pesquisa foi conduzida com o objetivo deinvestigar a acurácia (precisão) da imputação de genótipos utilizando diferentes densidades de SNPs (polimorfismos de nucleotídeo único). Foram testadas seis densidades diferentes de SNPs: 9K, 7K, 5K, 2K, 1K e 0.5K. O painel utilizado foi o Axiom® 30K SerraSNP, desenvolvido especificamente para o pacu. Os pesquisadores avaliaram a precisão da imputação comparando as densidades mais baixas de SNPs com a densidade de 9K, considerada a referência.
Principais Resultados
Os resultados mostraram que densidades de SNP até 1K mantêm alta precisão de imputação, com acurácias variando de 0.97 a 0.90 para SNPs e de 0.98 a 0.92 para indivíduos genotipados. No entanto, a densidade de 0.5K apresentou menor precisão, com menos de 40% dos SNPs atingindo alta precisão (R2 ≥ 0.80). Com base nesses resultados, os pesquisadores desenvolveram e validaram uma densidade de 1K utilizando a plataforma Agriseq® tGBS, confirmando a viabilidade dessa abordagem.
Tabela comparativa mostrando a acurácia da imputação de diferentes densidades de SNPs (9K, 7K, 5K, 2K, 1K, 0.5K). Créditos do artigo.
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Densidade de SNPs |
Acurácia (SNPs) |
Acurácia (Indivíduos) |
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9K |
0.97 |
0.98 |
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7K |
0.95 |
0.97 |
|
5K |
0.93 |
0.96 |
|
2K |
0.91 |
0.94 |
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1K |
0.90 |
0.92 |
|
0.5K |
<0.40 |
<0.40 |
Correlação entre a acurácia (R2) e a menor frequência alélica (MAF) examinada para diferentes subconjuntos de baixa densidade: 9335 SNPs (9K), 6686 SNPs (7K), 5405 SNPs (5K), 2042 SNPs (2K), 1068 SNPs (1K) e 500 SNPs (0,5K). Créditos do artigo.
Conclusão
A adoção dessas estratégias pode facilitar a implementação de programas de melhoramento genético por pequenos e médios produtores, promovendo maior eficiência na produção de pacu. A imputação de genótipos permite a utilização de uma menor quantidade de marcadores de DNA, reduzindo os custos sem comprometer a qualidade da seleção genética.
Além de proporcionar uma solução econômica, este avanço é um passo importante para a aquicultura, oferecendo uma estratégia prática para aprimorar as características desejáveis na produção de pacu. Isso inclui melhorias em características como crescimento, resistência a doenças e qualidade da carne, fortalecendo a competitividade do setor e beneficiando tanto grandes quanto pequenos produtores.
Desta forma, o presente estudo representa uma contribuição significativa para o desenvolvimento de programas de melhoramento genético com o objetivo de aumentar a produção de espécies nativas no Brasil.
