Um dos principais patógenos que afeta diversas espécies em aquicultura é a bactéria Aeromonas hydrophila, causadora de hemorragias, necroses, lesões no corpo e que resultam em surtos com altas taxas de mortalidade na produção de pacu (Piaractus mesopotamicus).
A alternativa proposta pelos pesquisadores para aumentar a resistência à infecções por A. hydrophyla e contribuir para o desenvolvimento sustentável da piscicultura no Brasil é a implantação de programas de seleção genômica, como os painéis SNP de baixa densidade, otimizados por imputação de genótipos, que são ferramentas de baixo custo para aplicação em escala comercial.
Sobre o experimento
O estudo teve como objetivo avaliar a precisão da predição genômica utilizando painéis de SNP de baixa (0,5 e 1 K) e média densidade (15 K imputados), e comparar a precisão dos valores de reprodução com o sequenciamento de DNA associado à sítios de restrição (18 K) e métodos baseados em pedigree para pacus desafiados com A. hydrophila.
O tempo até a morte (TD) e sobrevivência binária (BS) contra a infecção por A. hydrophila foram usados como fenótipos para predição genômica. Os valores genômicos foram estimados usando o modelo GBLUP, adotando diferentes métodos de genotipagem (SNP Array e RAD-seq) e densidades de SNPs (0,5 K, 1 K, e 15K_imputados para o array e 18 K para RAD-seq). As acurácias das abordagens genômicas foram comparadas ao método de pedigree PBLUP para avaliar os benefícios da incorporação de informações genômicas.
Principais resultados
A pesquisa demonstrou que a predição dos valores de reprodução usando métodos genômicos foi mais precisa do que as estimativas feitas por PBLUP em 33%, 39% e 67% para TD, e 36%, 39% e 82% para BS, quando consideradas as densidades de 0,5K, 1K e 15K_imputados, respectivamente.
Acurácia das predições genéticas e genômicas para tempo de morte (TD) e sobrevivência binária (BS) para resistência contra A. hydrophyla usando métodos baseados em pedigree (PBLUP) e genômicos (GBLUP), com diferentes densidades de SNP Array e Rad-Seq (Rad-18k). Créditos do artigo.
A imputação de genótipos melhorou a precisão da predição genômica para ambas as características. Por outro lado, o método de genotipagem RAD-seq teve estimativas de precisão cerca de 30% menores para as características avaliadas, em comparação com o PBLUP, o que sugere que o RAD-seq pode não ser adequado nesses casos. A seleção genômica com imputação de genótipos se mostrou uma abordagem viável e econômica para aumentar a resistência à infecção por A. hydrophila em pacus, reduzindo os custos de genotipagem sem perder a precisão na predição genômica.
Leia o artigo completo aqui: https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0044848624000140?via%3Dihub
